Transcriptome Sequence

Illumina Genome AnalyzerIIe を使用してmRNA配列を網羅的に決定し、各転写物をプロファイリングするサービスです.

・シーケンシング反応から解析まで包括的に行ないます.

・ゲノム情報がない生物も分析可能なのでモデル生物以外にも利用できます.

・Genome Analyzer によるtranscriptome解析は、100baseのpair-end法を使用し、
　1 laneで一度に3GB(raw sequence)読み取ることができます.

・以下の様なアプリケーションにご利用いただけます.

  • cSNP(coding SNP)、スプライスバリアント、対立遺伝子の特異的発現、イソフォームの特異的発現などの探索
  • 発現量のプロファイリング(マイクロアレイのバリデーションにも使用できます )
    　→　Digital Gene Expression
  • 低発現転写物または新規転写物の検出
  • de novo転写物解析

・サービス内容.

  • サンプルQC
  • サンプル調製（poly(A)抽出、ライブラリ調製、クローン増幅）
  • シーケンシング
  • マッピング不可能なリードの除去
  • インフォマティック解析（Tophat、Cufflinks)
  • データレポート
    raw塩基配列(FASTA-AまたはFASTA-Qファイル)とクオリティスコア
    検出した配列のリスト.
    mappable reads
    配列のコピー数

・その他の解析はオプションとして承ります.

・納期:2-3ヶ月程度