small RNA Sequence

Illumina Genome AnalyzerIIeを使用してサンプル中の全てのmiRNA、 small RNAを網羅的かつ特異的に高感度で探索およびプロファイリングするサービスです.

・Genome Analyzer による解析は、35baseのsingle-end法を使用し、1 laneで
 一度に750Mb(raw sequence)読み取ることができます.

・あらゆる生物種のmicroRNA、small RNAをプロファイリング可能です.

・サンプル中の新規miRNAおよび他の型のsmall RNAの発見が可能です.

・Digital Gene Expressionにより、転写産物量の発現レベルを5桁のダイナミックレンジ
 で正確に定量可能です.

・発現量の少ない転写産物および転写バリアント(SNPなど)も検出可能です.

・シークエンスによって得た既知および新規配列情報からマイクロアレイプローブを設計可能です.

・サービスには以下が含まれます.

  • サンプルQC、サンプル調製(small RNAの分取、ライブラリ調製、クローン増幅)
  • ハイスループットシークエンシング(35base single-end法 )
  • Standard Data Analysis
  • 納期2-3ヶ月程度

・Standard Data Analysis.

  • Illuminaベースコーリングおよび分析
  • LC Sciencesソフトによる分析とフィルタリング、マップ可能なリードの抽出
  • データレポート:固有の配列およびそれらのコピー数のリスト

・Advanced Level Analysis.

  • リファレンスデータベースの構築(miRBase、ゲノムなど)
  • 参照配列へのマッピング
  • 既知のsmall RNA配列を公共のsmall RNAデータベースにアラインメント
  • 未知のsmall RNA配列を参照ゲノムへアラインメント
  • マップした全リードの分類
  • マップした配列の長さ分布
  • マップした配列のアノテーション
  • isomirなどの配列変種のアラインメント
  • 配列クラスターのゲノムおよび染色体上の位置
  • 新規miRNAの予測
  • 生物統計分析:発現解析、転写産物のコピー数の比較など
  • データレポート:方法およびすべての統計分析の詳細

・Custom Level Analysis.

  • クラスタリング解析、パスウェイ解析(KEGG)、Gene Ontologyレポート、バイオマーカー分析、標的予測など